小眼子菜，沉水草本，无根茎。
茎椭圆柱形或近圆柱形，纤细，径约0.5毫米，具分枝，近基部常匍匐地面，并于节处生出稀疏而纤长的白色须根，茎节无腺体，或偶见小而不明显的腺体，节间长1.5-6厘米。
叶线形，无柄，长2-6厘米，宽约1毫米，先端渐尖，全缘；
叶脉1或3条，中脉明显，两侧伴有通气组织所形成的细纹，侧脉不出现或不明显；
托叶为无色透明的膜质，与叶离生，长0.5-1.2厘米，命生成套管状而抱茎（或至少在幼时合生为套管状），常早落；
休眠芽腋生，呈纤细的纺锤状，长1-2.5厘米，下面具2或3枚伸展的小苞叶。
穗状花序顶生，具花2-3轮，间断排列；
花序梗与茎相似或稍粗于茎；
花小，被片4，绿色；
雌蕊4枚。
果实斜倒卵形，长1.5-2毫米，顶端具1稍向后弯的短喙，龙骨脊钝圆。
花果期5-10月。
2n=26。
