眼子菜科，沼生、淡水生至咸水生或海水生一年生或多年生草本。
具根茎匍匐茎，节上生须根和直立茎，稀无根茎。
叶沉水、浮水或挺水，或两型，兼具沉水叶与浮水叶，互生或基生，稀对生或轮生；
叶片形态各异，具柄或鞘，或柄鞘皆无；
托叶有或无，膜质或草质，鞘状抱茎，开放型，极少呈封闭的套管状。
花序顶生或腋生，多呈简单的穗状或聚伞花序，稀为复聚伞花序或复穗状花序，极少为单顶花序，开花时花序挺出水面、漂浮水面，或没于水中，花后皆沉没水中；
传粉途径包括风媒、水表传粉、水媒或闭花受精；
花小或极简化，辐射对称或两侧对称，3、2或4基数；
两性或单性；
花被有或无；
雄蕊6到1枚，通常无花丝，花药长圆形、肾形或近球形，外向，2至1室，纵裂，有时雄蕊背部连生，药隔很宽或伸长，或极为退化；
花粉粒圆形或椭圆形，稀线形或弓曲形；
雌蕊具心皮1-4枚或多枚，离生或近离生，稀合生；
花柱短粗，或无，柱头盘状、头状、毛刷状或丝状，每子房室含胚珠1枚，稀多枚，弯生或直生。
果实多为小核果状或小坚果状，常卵圆形，略偏斜而侧扁，顶端具喙，稀为纵裂的蒴果。
种子无胚乳；
胚通常弯曲，稀直立，具1枚弯曲或扭卷的子叶和发达的下胚轴。
