二药藻，浅海生沉水草本。
根茎匍匐，节间长2.5-3 (-5) 厘米；
节生鳞片椭圆形，膜质，每节须根1-6条。
直立茎短，基部常为残存叶鞘包围。
叶互生；
叶鞘长2-3厘米，扁筒形，初时抱茎，后游离；
叶片线形，长4-11(-15)厘米，宽0.8-1.4毫米，上部有时微弯呈镰状，基部渐狭，叶端常具3齿，中齿与侧齿等长，或稍长于侧齿，多少钝尖或2裂，或具数枚极细齿，2侧齿略外斜；
叶脉3条，平行，中脉明显，至先端常略扩展或分叉，末梢于叶端突出而形成中齿，侧脉发育正常。
花小，无花被；
雄花之花药微红，长3毫米，无花丝，贴生于长10-20毫米的花梗上，二药着生部位不等高，相差约0.5毫米；
雌花花柱长3-4毫米，顶生。
果实卵球形，长2.5毫米，宽2毫米，略扁，喙顶生，长约1毫米；
不开裂。
种子1枚，直生。
