白茎眼子菜，多年生沉水草本，具根茎。
茎圆柱形，直径约1毫米，不分枝或分枝稀疏，通常节间伸长，可达10余厘米或在上部较短。
叶条状披针形或披针形，无柄，先端常收缩呈匙状，基部钝圆而略呈耳状抱茎；
中脉显著，自中部以下发出与之平行、并在顶端连接的次级细脉，三级脉细弱，但清晰可见；
托叶膜质，无色或淡绿色，抱茎，与叶片离生，长1-2.5厘米，常早落。
穗状花序顶生，具花4-6轮，稍密集；
花序梗稍粗于茎，长2-5厘米；
花小，被片4，绿色；
雌蕊4枚，离生。
果实未见。
花果期约7-9月。
2n=52。