穿叶眼子菜，多年生沉水草本，具发达的根茎。
根茎白色，节处生有须根。
茎圆柱形，直径0.5-2.5毫米，上部多分枝。
叶卵形、卵状披针形或卵状圆形，无柄，先端钝圆，基部心形，呈耳状抱茎，边缘波状，常具极细微的齿；
基出3脉或5脉，弧形，顶端连接，次级脉细弱；
托叶膜质，无色，长3-7毫米，早落。
穗状花序顶生，具花4-7轮，密集或稍密集；
花序梗与茎近等粗，长2-4厘米；
花小，被片4，淡绿色或绿色；
雌蕊4枚，离生。
果实倒卵形，长3-5毫米，顶端具短喙，背部3脊，中脊稍锐，侧脊不明显。
花果期5-10月。
2n=52。
