兴安堇菜，多年生低矮草本，无地上茎，高4-10厘米。
根状茎褐色，肥厚，垂直，深达土中3-10厘米，上部有去年残叶围绕。
根通常稍呈黑色，平滑，稀分枝。
叶多数，均基生，呈莲座状；
叶片近革质，匙形、长椭圆形或披针形，长2-5厘米，宽0.5-1.2厘米，先端钝或稍尖，基部变狭并下延于叶柄，边缘具钝圆齿，或近全缘略呈波状，具缘毛或无毛，两面无毛，或密生粗毛，或仅上面 (叶脉上) 被粗毛；
幼叶叶柄不明显或近无柄，在果期叶柄长达4厘米，上半部具狭翅，有粗毛或近无毛；
托叶淡绿色或苍白色，1/2-3/4与叶柄合生，离生部分披针形，先端尖，边缘疏生细齿或近全缘。
花小形，紫堇色；
花梗通常超出于叶，或与叶近等长，常带紫色，无毛，稀被疏毛，在中部有2枚长4-6毫米的线形小苞片；
萼片卵状披针形或披针形，长5-6毫米，先端尖，具狭膜质边缘，基部附属物近方形，长1.5-2毫米，末端圆或截形，有时疏生牙齿；
花瓣长圆状倒卵形，上方花瓣长约9毫米，宽约5毫米，侧方花瓣长约9毫米，宽约4.5毫米，里面近基部有明显的须毛，下方花瓣连距长10-13毫米；
距较短，长2-3.5毫米，粗约1.5毫米，末端圆，稍向上弯；
花药长约2毫米，药隔顶部4附属物长约1.5毫米，下方2枚雄蕊的距短而粗，长约3毫米，末端渐细；
子房卵球形，长约1.8毫米，沿背棱有小颗粒状突起附属物；
花柱长约2毫米，棍棒状，基部明显向前膝曲，向上渐增粗，柱头两侧及后方稍增厚成薄而直展的缘边，顶部稍隆起，前方具明显的喙，喙端的柱头孔较粗。
蒴果长椭圆形，长约9毫米，无毛，黄褐色，果梗直立，不超出于叶。
花果期5-8月。
