南山堇菜，多年生草本，无地上茎，花期较矮小，高4-20厘米，果期高可达30余厘米。
根状茎直立，较短粗，长3-10毫米，被残存的托叶所包围，下部有3-6条较粗的淡黄色或白色的根。
基生叶2-6枚，具长柄；
叶片3全裂，裂片具明显的短柄，侧裂片2深裂，中央裂片2-3深裂，最终裂片的形状和大小变异幅度较大，卵状披针形、披针形、长圆形、线状披针形，边缘具不整齐的缺刻状齿或浅裂，有时深裂，先端钝或尖，两面无毛或上面和下面沿叶脉有短柔毛；
叶柄在花期长3-9厘米，通常绿色，有时稍带淡紫色，无毛，有光泽，果期伸长，长可达20余厘米；
托叶膜质，1/2以上与叶柄合生，宽披针形，先端渐尖，边缘具稀疏细齿和缘毛或全缘。
花较大，花径2-2.5厘米，白色、乳白色或淡紫色，有香味；
花梗通常呈淡紫色，无毛，有光泽，花期与叶等长或高出于叶，中部以下有2枚小苞片；
小苞片线形或线状披针形，具极稀疏而细的小齿；
萼片长圆状卵形或狭卵形，长10-14毫米，基部附属物发达，长4.5-6毫米，末端具不整齐的缺刻或浅裂，无毛，具3脉和膜质缘；
花瓣宽倒卵形，上方花瓣长13-15毫米，宽约9毫米，侧方花瓣长约15毫米，宽约7毫米，里面基部有细须毛，下方花瓣有紫色条纹，连距长16-20毫米；
距长而粗，长5-7毫米，直或稍下弯；
花药长2.5-3毫米，下方雄蕊之距较细，长约5毫米，粗约1.5毫米；
子房无毛，长约2毫米，花柱长约3毫米，基部稍膝曲，柱头两侧及后方有稍肥厚的缘边，中央部分微隆起，前方具明显的短喙，喙端具圆形柱头孔。
蒴果大，长椭圆状，长1-1.6厘米，无毛，先端尖。
种子多数，卵状，长约2.2毫米，直径约1.5毫米。
花果期4-9月。
2n=24。
