啮痕马先蒿，多年生低矮草本，高2-6厘米，干时多少变黑，有密毛。
根茎横行，长4-10厘米，粗达1-2厘米，根颈很粗，多头；
根很长，达15厘米。
茎不分枝，有时极多，2-20条，直立。
叶有柄，柄长2-4 厘米，基部常鞘状膨大，叶片线形，羽状浅裂，长2.5厘米，宽5毫米，裂片每边12-20枚，相并而生，卵形，长不及2毫米，有具刺尖的齿。
花腋生，有长达25-60毫米的长梗，合成密花的总状花序；
萼圆筒状钟形，有密毛，前方开裂至1/3，长10-12毫米，宽5毫米，齿5枚，椭圆形有锯齿，后方1枚较前侧方者小一半，较后侧方者小1倍；
花管外面有微毛，较萼长半倍，约16毫米，向端渐扩大，下唇三裂，宽18-20毫米，裂片圆形，缘有啮痕状细齿，裂片圆形，侧裂较中裂宽一半，盔直立部分长5毫米，宽2毫米，稍稍后仰，突然向前转折成为长6.5毫米、宽3.5毫米的合有雄蕊的部分，前方急速狭细为平伸而稍稍偏指下方的喙，长约5毫米，端2裂，裂片锐头；
雄蕊着生于子房顶与管口之间，花丝均有毛；
子房披针形，柱头不伸出。
蒴果斜长圆形，长20毫米，宽6毫米，有短刺尖，几长过于萼1倍；
种子卵圆形，浅色，有明显的网纹。
花期7-8月。