灰堇菜，多年生草本，无地上茎。
根状茎发达，长可达10厘米，节间伸长，顶端者较粗，节密，且被前一年残留的褐色托叶所包围。
匍匐枝伸长，具较长的节间，密被倒生的白色毛。
基生叶呈莲座状，叶片宽卵形或肾形，长1.5-3.5厘米，宽2-3厘米，先端钝或微尖，基部心形，边缘具细圆齿和缘毛，两面被白色柔毛；
叶柄长2-4厘米，密被倒生的白色硬毛；
托叶，披针形，长1-1.3厘米，近膜质，具流苏状齿缘。
花白色或淡紫色，长约1厘米；
花梗长3-6厘米，密被倒生白色毛，中部稍下处有2枚线形小苞片；
萼片长圆形，长约5毫米，先端稍尖，基部附属物短，末端钝，边缘具睫毛，具3脉；
花瓣长圆状倒卵形，侧方花瓣长8-9毫米，宽约3毫米，里面近基部处有长须毛，下方花瓣具短距；
距呈浅囊状，长仅3毫米，粗约2毫米，末端圆；
下方2枚雄蕊的距呈尖角状，长约1.2毫米；
子房卵球形，有毛或无毛，花柱棍棒状，基部近直立，向上略增粗，顶部无缘边，先端具极短之喙，喙端具较细的柱头孔。
蒴果球形，被短柔毛。