深圆齿堇菜，多年生细弱无毛草本，无地上茎或几无地上茎，高4-9厘米，有时具匍匐枝。
根状茎细，几垂直，节密生。
叶基生；
叶片圆形或有时肾形，长、宽1-3厘米，先端圆钝，基部浅心形或截形，边缘具较深圆齿，两面无毛，上面深绿色，下面灰绿色；
叶柄长短不等，长2-5厘米，无毛；
托叶褐色，离生或仅基部与叶柄合生，披针形，长约0.5毫米，先端渐尖，边缘疏生细齿。
花白色或有时淡紫色；
花梗细，长4-9厘米，上部有2枚线形小苞片；
萼片披针形，长3-5毫米，宽1.5-2毫米，先端稍尖，基部附属物短，末端截形，边缘膜质；
花瓣倒卵状长圆形，上方花瓣长1-1.2厘米，宽约4毫米，侧方花瓣与上方花瓣近等大，里面无须毛，下方花瓣较短，连距长约9毫米，有紫色脉纹；
距较短，长约2毫米，囊状；
花药长约1.5毫米，药隔顶端附属物长约1毫米，下方雄蕊之距钝角状，长约1.5毫米；
子房球形，有褐色腺点，花柱棍棒状，基部膝曲，柱头两侧及后方有狭缘边，前方具短喙。
蒴果椭圆形，长约7毫米，无毛，常具褐色腺点。
花期3-6月，果期5-8月。
