兴安圆叶堇菜，多年生草本，无地上茎，花期高约6-8厘米，果期高约10厘米。
根状茎稍伸长，斜生或垂直，长1-3厘米，上部被有前一年的残存褐色托叶及枯叶，具分枝细根。
叶基生；
花期叶较小，叶片心状圆形，稀为宽卵形，长与宽近相等，长1-2厘米，先端钝或稍尖，基部深心形，边缘具圆齿，上面绿色，下面苍绿色或带灰紫色，两面均无毛，果期叶片较大，长与宽均为2-5厘米；
叶柄细长，具极狭的翅；
托叶小，绿色，后变为褐色，下部1/2与叶柄合生，分离部分披针形，边缘具稀疏牙齿。
花白色或淡紫色，较小，长约8毫米；
花梗细弱，稍超出于叶，中部以上有2枚线形小苞片；
萼片卵状披针形或披针形，长3-4毫米，先端急尖，基部附属物短，末端圆或截形，具狭膜质缘，有3脉；
花瓣长圆状倒卵形，侧方花瓣无须毛（或稍有须毛），下方花瓣较短，有紫色条纹；
距短粗，稍长于萼片附属物；
子房球形，无毛；
花柱基部微膝曲，柱头两侧及后方具缘边呈钉帽状，前方具直立的喙。
蒴果长5-10毫米，无毛，有褐色斑点或不明显。
花果期5-8月。
