粗齿黄芩，直立草本；
根茎平卧，具纤维状须根。
茎高55厘米，基部粗2.5毫米，上升，四棱形，不分枝，常在叶腋内具多叶的短枝，密被平展白色疏柔毛。
叶坚纸质，宽卵圆形，长5-7厘米，宽2.5-4.5厘米，先端钝，基部圆形至浅心形，边缘具粗大有时双重的圆齿，上面深绿色，疏被具节疏柔毛，下面较淡，被疏柔毛，满布黑紫色腺点，侧脉3-4对，与中脉及细脉上面微凹陷下面突出且带白色；
叶柄长1-1.8厘米，腹平背凸，密被平展疏柔毛。
花对生，排列成顶生或腋生长6-7.5厘米的总状花序；
花梗长约2毫米，与序轴密被平展疏柔毛；
苞片早落。
花萼开花时长2毫米，果时长3毫米，外面密被疏柔毛，盾片开花时高1.5毫米，果时高3毫米。
花冠紫红色，长1.6-1.9厘米，外疏被微柔毛，内面在冠筒中部疏被疏柔毛；
冠筒前方基部曲膝状，中部以上渐宽，至喉部宽达4毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，内凹，先端微凹，下唇中裂片宽卵圆形，基部宽3.5毫米，先端微凹，两侧裂片卵圆形，宽2毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部以下被小疏柔毛。
花盘肥厚，前方微隆起；
子房柄短。
花柱细长。
子房光滑。
成熟小坚果未见。
花期5月。
