浙江黄芩，多年生草本；
根茎匍匐，于节上密生纤维状须根。
茎高20-55厘米，直立，钝四棱形，基部粗约2毫米，干时带暗紫色，中部以下几无毛，中部以上沿棱角及节上略被向上紧贴先端下曲短柔毛，不分枝或中部以上分枝。
叶卵圆形至椭圆状卵圆形或狭卵圆形，长6-7.2（8）厘米，宽2.5-4厘米，先端急尖，基部圆形或阔楔形，边缘具浅牙齿，上面无毛或极疏被细短柔毛，下面仅沿中脉及侧脉上疏被细短柔毛，两面均密布金黄色腺点，侧脉4-5对，与中肋均上面凹陷下面突出；
叶柄长0.5-1.2厘米，腹面具沟，疏被向上紧贴先端下曲短柔毛。
花对生，于茎或分枝顶上排列成长（6）8-11.5（16）厘米的总状花序；
花梗长约2.5毫米，被向上紧贴先端下曲短柔毛；
序轴在棱角及节上被向上紧贴先端下曲短柔毛，余无毛；
苞片几无柄，最下部者长圆形，长1.2-2厘米，边缘有少数不明显的小牙齿，上部者较小且较狭，长约10毫米，全缘。
花萼在花时长约4毫米，全面散布腺点，仅沿脉及边缘上疏被短柔毛余部无毛，果时增大，长达7毫米，盾片开花时高约2.5毫米，果时竖起，高5毫米。
花冠紫蓝色，长2.5-2.7厘米，外密被具腺短柔毛，内无毛；
冠筒长约1.8厘米，前方基部膝曲状，中部以上渐宽，喉部宽达5.5毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，先端波齿状，下唇中裂片三角状卵圆形，基部宽约5毫米，两侧裂片卵圆形，基部宽2.5毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部以下被小纤毛。
花盘肥厚，前方稍隆起；
子房柄长0.5毫米。
花柱细长。
成熟小坚果褐色，卵状椭圆形，长1.5毫米，宽1.25毫米，具瘤，腹面中央具果脐。
花期5月；
果期6月。
