祁门黄芩，茎纤细，多少曲折，高30厘米，四棱形，密被倒向淡黄短柔毛，多分枝。
叶具柄，柄纤细，中部茎叶者长达4厘米，背腹压扁，被平展淡黄疏柔毛；
叶片草质，卵圆形，在分枝上者细小，长1.5-2.5厘米，宽1.2-1.7厘米，茎生者较大，长6.5-7厘米，宽4-4.6厘米，均先端变锐尖，基部心形，边缘具整齐的圆齿，上而绿色，下面较淡，两面密被疏柔毛，侧脉3-5对，基部1对发达，与中脉在上面不明显下面凸起。
花序顶生于腋生分枝及小枝上，总状，长达15厘米；
花梗长3毫米，与序轴被平展具腺疏柔毛。
果萼长4毫米，被具腺疏柔毛，盾片高3.5毫米。
成熟小坚果未见。
果期8月。