滇黄芩，多年生草本；
根茎近垂直或斜行，肥厚，径达11毫米或以上，上部常分枝，分枝顶端生出1-2茎，下部亦常分叉。
茎直立，高12-26（35）厘米，锐四棱形，略具四槽，沿棱角被倒向或有近伸展的微柔毛至疏柔毛，不分枝或分枝，常带紫色，中部节间长1.2-2（3.8）厘米。
叶草质，长圆状卵形或长圆形，茎下部者变小，茎中部以上渐大，长1.4-3.3厘米，宽0.7-1.4厘米，常对折，顶端圆形或钝，基部圆形或楔形至浅心形，边缘离基以上有不明显的圆齿至全缘，上面绿色下面较淡，上面疏被微柔毛至几无毛，下面常沿中脉及侧脉疏被微柔毛至几无毛，侧脉3-4对，与中脉上面凹陷下面突起；
叶柄长1-2毫米，腹凹背凸，被微柔毛。
花对生，排列成顶生长5-14厘米的总状花序；
花梗长3-4毫米，与序轴被具腺微柔毛；
苞片向上渐小，披针状长圆形，长5-10毫米，先端急尖至钝，基部楔形，被微柔毛。
花萼开花时长约3毫米，常带紫色，被具腺微柔毛，果时长达5毫米，盾片开花时高约1毫米，果时增大，高达3毫米。
花冠紫色或蓝紫色，长2.4-3厘米，外被具腺微柔毛，内面无毛；
冠筒近基部前方微囊大，明显膝曲状，中部宽约2.5毫米，向上渐宽，至喉部宽达7毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，内凹，先端微缺，下唇中裂片近圆形，近全缘，宽达1厘米，两侧裂片三角形，宽约3毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，下部被小纤毛。
花盘肥厚，前方隆起；
子房柄短。
花柱细长。
子房光滑。
成熟小坚果卵球形，长1.25毫米，宽约1毫米，黑色，具瘤，腹面近基部具一果脐。
花期5-9月，果期7-10月。
