腋花黄芩，多年生草本；
根茎细，匍匐状，于节上向下生出纤维状细根。
茎上升至直立，高30-40（60）厘米，四棱形，基部粗1.2-2（3）毫米，被向上弯曲而细小的短柔毛，在棱上最密，具短或长的分枝，分枝不明显四棱形或近圆柱形。
茎中部叶叶柄长约为叶片的1/2或1/3，长0.4-1.3厘米，密被向上弯曲的短柔毛；
叶片草质，卵圆形或三角状卵圆形，长1.2-2.5厘米，宽0.7-2.1厘米，先端钝或近圆形，基部宽楔形或圆形或近截形，边缘每侧具1-3个粗圆齿，茎或长分枝的上部叶变小，成苞片状，大多全缘，或较大的在每侧中部以下具1-2个圆齿，干时均橄榄绿色，上面各处或向叶缘疏被极细的短柔毛，下面仅沿脉上被疏柔毛，余部被短而上曲的短柔毛或近无毛，两面生有黄色小腺点，侧脉2-3对，与中脉在上面稍凹陷下面凸起。
花单生于苞状叶腋中，向上斜展，并偏向一侧；
花梗短，长1.8-3毫米，被向上弯的短柔毛，基部有成对长0.5毫米针状小苞片。
花萼开花时长2-3毫米，疏被短柔毛及短缘毛，具腺点，盾片高约1毫米，果时花萼长约4毫米，宽约3毫米，被微柔毛，盾片高约2毫米。
花冠紫色或淡紫蓝色，长1.6-2厘米，外面被短柔毛，内面仅近基部具柔毛其余无毛；
冠筒基部成膝曲状，微膨大，宽约1毫米，向上渐宽大，至喉部宽4毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，顶端圆形，下唇中裂片向外伸展，梯形，长约2.5毫米，宽约3毫米，顶端及两侧微凹，两侧裂片卵形，高达上唇片之半。
雄蕊4，前对较长，微露出，具半药，退化的半药明显，后对较短，内藏，具全药，药室裂口具髯毛，背部常具泡状毛；
花丝扁平，前对内侧后对两侧中下部具小疏柔毛。
花柱细长，先端细尖，微裂。
花盘扁圆形，前方微隆起，后方延伸成长0.5毫米的子房柄；
子房与花盘间具泡状毛。
子房4裂，裂片等大。
小坚果深褐色，卵球形，长约1毫米，径不及1毫米，具瘤状突起，腹部隆起，近基部具果脐。
花期4-6月，果期6-7月。
