安徽黄芩，多年生草本。
茎高约60厘米，锐四棱形，具沟，基部粗约3毫米，沿棱角及节上被下曲短柔毛，上部稍分枝，分枝能育。
叶坚纸质，卵圆形，长4.8-6.8厘米，宽2.5-4厘米，先端急尖，基部阔楔形，边缘具浅牙齿，上而疏被小柔毛，下面沿脉较密生余部疏生小柔毛，两面散布金黄色腺点，侧脉约4对，两面稍凸起；
叶柄长0.5-2厘米，自侧面压扁，腹面具沟，被下曲短柔毛。
花对生，排列成长达16厘米的顶生总状花序；
花梗长2-2.5毫米，与序轴均被下曲的短柔毛；
苞片狭卵圆形，无柄，最下者较大，长2-2.4厘米，边缘有不明显的小牙齿，上部者变小，长约7毫米，全缘。
花萼长约3.5毫米，外面被下曲短柔毛，盾片高约2毫米。
花冠淡黄白色，长约2.7厘米，外面被短柔毛；
冠筒长约2.15厘米，前方基部膝曲状，中部以上渐宽大，喉部宽达6毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，先端微凹，下唇中裂片三角状卵圆形，先端微凹，基部宽5毫米，两侧裂片卵圆形，宽2.5毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，近无毛。
花盘肥厚，前方稍隆起；
子房柄很短。
花柱细长。
子房光滑。
成熟小坚果未见。
花期6月。
