中甸黄芩，多年生草本；
根茎垂直或斜行，粗达8毫米，淡褐色，上部分叉。
茎多数，直立，高（9）15-30厘米，四棱形，具四槽，粗约1毫米，具细条纹，常带紫色，沿棱角上密被倒向的小疏柔毛余部近无毛，分枝。
叶坚纸质，卵圆形或椭圆状卵圆形，长（0.9）1.5-3厘米，宽（0.4）0.9-1.2厘米，先端急尖，基部圆形至浅心形，边缘有波状细圆齿，上面绿色，下面干时常带紫色，上面全部下面主要沿中脉及侧脉上疏被小疏柔毛，侧脉3-4对，与中脉在上面微凹陷下面突出；
叶柄长1-1.5毫米，腹面具沟，背面突起，被小疏柔毛。
花对生，排列成顶生长（3）6-12厘米的总状花序；
花梗长1.8-3毫米，与序轴密被平展白色具腺疏柔毛；
苞片狭椭圆形或长圆形，长3-8毫米，宽1.5-3.5毫米，先端锐尖，基部楔形，除最下一对外全缘，被纤毛，无柄或具短柄。
花萼开花时长约2.5毫米，被白色具腺疏柔毛，果时长5毫米，盾片开花时半圆形，平展，高约1毫米，果时高2.5毫米。
花冠紫色或深蓝色，长1.8-2厘米，外密被白色具腺小疏柔毛，内面无毛；
冠筒近基部前方囊状，十分膝曲，中部宽1.5毫米，向上渐宽，至喉部宽达3.5毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，内凹，先端微缺，下唇中裂片近圆形，径约4.5毫米，两侧裂片卵圆形，宽约1.5毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部被小纤毛。
花盘肥厚，前方隆起；
子房柄很短。
花柱细长。
子房褐色，光滑。
成熟小坚果未见。
花期6-7月，果期7-8月。
