毛堇菜，多年生草本，无地上茎。
根状茎粗而长，长者可达10余厘米，粗4-6毫米，节间长2-4厘米。
匍匐枝细长呈鞭状，长达15厘米，有互生的小形叶片，顶端常形成新植株。
叶基生；
叶片在下部者较小，呈心形，上部者较大，呈卵状心形，长6-8厘米，宽4-4.5厘米，先端渐尖，基部深心形，边缘密生浅圆齿，两面散生白色短毛，或下面无毛；
叶柄长短不等，长6-11厘米，上部有极狭的翅，无毛；
托叶干膜质，深褐色，披针形或宽披针形，长1-1.5厘米，边缘具长流苏状齿，无毛。
花淡紫色或白色；
花梗通常不超出于叶丛，无毛，上方（紧靠花）有2枚小苞片；
小苞片干膜质，褐色，线形，长8-10毫米；
萼片披针形，长4.5-5.5毫米，宽1.2-1.8毫米，先端尖，基部具较长的附属物，附属物长约2毫米，末端具2-3浅齿，疏生纤毛，具3脉；
花瓣长圆状倒卵形，长约1.5厘米，侧方花瓣里面无须毛，下方花瓣较短，里面有紫堇色条纹，具短距；
距呈囊状，较萼片附属物短，粗约2毫米；
下方2枚雄蕊具角状短距，与花药近等长；
子房卵球形，无毛，花柱棍棒状，柱头两侧具窄和缘边，前方具直立的短喙，喙端柱头孔细。
蒴果椭圆形。
种子球形，暗褐色。
花期4-6月，果期7-8月。
