丝柱龙胆，多年生草本，高2-5厘米，具短的匍匐茎。
须根少数，细长。
枝少数丛生或单生，直立，低矮，不分枝或基部有分枝，黄绿色，光滑，基部有宿存的黑褐色枯存残叶。
叶密集，莲座状，匙形或倒卵状匙形，连柄长4-8.5毫米，宽2.5-5毫米，先端圆形，基部渐狭，边缘平滑，叶脉1-3条，明显或否，叶柄宽，扁平，膜质。
花单生枝顶，基部包围于上部叶丛中；
无花梗或花梗短，长至5毫米；
花萼筒倒锥状筒形，长8-11毫米，裂片披针形或狭矩圆形，长5-6毫米，先端钝，边缘平滑，脉不明显，弯缺楔形；
花冠蓝色，漏斗形，长3-4厘米，裂片卵圆形，长3.5-4毫米，先端圆形，全缘，褶偏斜，截形，边缘啮蚀形；
雄蕊着生于冠筒中部，整齐，花丝线状钻形，长13-15毫米，花药狭矩圆形，长3-4毫米；
子房卵状披针形，长7-9毫米，先端渐尖，基部钝，柄长6-8毫米，花柱细长，丝状，长11-14毫米，柱头2裂，裂片外卷，矩圆形。
蒴果内藏，椭圆形，长10-12毫米，两端钝，柄长至10毫米；
种子扁平，褐色，近圆形或宽矩圆形，长0.8-1毫米，表面具浅蜂窝状网隙。
花果期7-9月。
