纤茎堇菜，多年生小草本、高5-7厘米。
根状茎短，密被少数鳞片；
茎纤细，丝状，无毛，干后稍变绿色。
基生叶通常1枚，具长柄；
茎生叶叶片心形，长、宽1-1.5厘米，先端具短的或不明显的渐尖，基部深心形，两侧耳状垂片圆形并常互相重叠，边缘疏生粗锯齿，两面散生白色短柔毛或近无毛，上面绿色，下面带苍白色；
叶柄长而纤细，线形，长达5厘米；
托叶狭卵形，长2-2.5毫米，边缘近全缘有时疏生不明显的锯齿。
花黄色，单生上部叶腋，具纤细的花梗；
花梗线状，长2-3.5厘米，中部以上有2枚小形、条状小苞片；
萼片极窄，条形，长约5毫米，宽0.6-1毫米，基部附属物极短呈截形，边缘狭膜质，无毛；
上方花瓣长圆形；
长约1厘米，宽约3毫米，侧方花瓣无须毛，较上方花瓣稍长，下方花瓣长倒卵形，长约1厘米，宽4-7毫米，基部有紫色条纹；
距长4-5毫米，粗1-1.5毫米，末端变细且钝圆；
子房无毛，有红色斑点，花柱长2-2.5毫米，基部膝曲，先端2裂，裂片钝圆。
蒴果略球形，直径约4毫米，表面有红色斑点。
花期6-8月。
