丽江梅花草，多年生小草本，高4-6厘米，细弱。
根状茎块状，其下生出多数纤维状根，其上有少数褐色鳞片。
基生叶3-5，具柄；
叶片卵状心形或宽卵形，长5-8毫米，宽4-9毫米，先端圆或钝，基部近心形，边全缘，上面深绿色，下面淡绿色；
叶柄长4-10毫米，扁平；
托叶膜质，早落。
茎通常1-2条；
茎生叶2枚，常在近中部，与基生叶同形，但稍小，基部常有铁锈色、早落的附属物，无柄半抱茎。
花单生于茎顶，直径10-13毫米；
萼筒管陀螺状；
萼片长圆形，长约3毫米，宽约1.3毫米，先端圆钝，有不明显3条脉；
外面密被褐色小点，为花瓣长度1/2，花瓣白色，长圆倒卵形，长约5毫米，宽约3毫米，先端2裂或微凹，基部渐窄成长约2毫米之爪，边全缘，有3-5条脉，两面密被褐色小点；
雄蕊5，长约3.2毫米，花丝扁，长约2.5毫米，向基部加宽；
花药长圆形，纵裂，为花瓣长度1/2；
退化雄蕊5，全长约2.7毫米，具长约1毫米之柄，头部3中裂，稀呈不规则4-5裂，裂片线形，先端圆，全长为雄蕊2/3；
子房呈顶端扁的倒卵球形；
花柱长约8毫米，柱头3裂，裂片长圆形。
花期8月，果期9月。