茜堇菜，多年生草本，无地上茎，高6-17厘米，花期较低矮，果期显著增高。
根状茎短粗，被白色鳞片，垂直，长3-10毫米，生2至数条根；
根较粗而长，不分枝，黄褐色，长可达18厘米；
叶均基生，莲座状，叶片最下方者常呈圆形，其余叶片呈卵形或卵圆形，长1.5-4.5厘米，宽1.2-2.5厘米，果期长6-7厘米，宽5.5-6厘米，先端钝或稍尖，边缘具低而平的圆齿，基部稍呈心形但果期通常呈深心形，两面散生或密被 (通常在花期的幼叶上) 白色短毛，下面有时稍带淡紫色；
叶柄长而细，长4-13厘米，上部具明显的翅，幼时密被短毛，后渐稀疏；
托叶外围者呈膜质，苍白色，无叶片，内部者淡绿色，1/2以上与叶柄合生，离生部分披针形或狭披针形，先端长渐尖，边缘疏生短流苏状细齿。
花紫红色，有深紫色条纹；
花梗细弱，通常超出于叶或与叶近等长，被短毛，稀无毛，中部以上有2枚线形小苞片；
萼片披针形或卵状披针形，连附属物长6-7毫米，先端尖，具狭膜质缘，基部附属物长1-2毫米，末端钝圆或截形，通常具不整齐的浅牙齿，密生或疏生短毛及缘毛；
上方花瓣倒卵形，长11-13毫米，宽约6-7毫米，先端常具波状凹缺，侧方花瓣长圆状倒卵形，长11-13毫米，宽5-6毫米，里面基部有明显的长须毛，下方花瓣连距长1.7-2.2毫米，先端具微凹；
距细管状，长6-9毫米，粗1-1.8毫米，直或稍向上弯，末端圆，有时疏生细毛；
雄蕊5，药隔顶端附属物长约1.5毫米，花药长约2毫米，下方2个雄蕊背方具细长之距，距长6-7毫米，粗0.3-0.4毫米；
子房卵球形，密被短柔毛，花柱棍棒状，基部膝曲，向上部明显增粗，柱头两侧及背部明显增厚成直伸或平展的缘边，前方具较粗的短喙，柱头孔较粗。
蒴果椭圆形，长6-8毫米，幼果密被短粗毛，成熟时毛渐变稀疏。
种子卵球形，红棕色，长约1.5毫米，直径约1毫米。
花果期4月下旬至9月。
