石生堇菜，多年生草本，有地上茎，高5-10厘米，全体被短柔毛，稀散生短毛或无毛。
根状茎短粗垂直，具结节和鳞片，深褐色，向下生有1条较粗而长的主根；
根褐色，下端多分枝，支根细长。
茎多条，丛生，斜升或直立，具纵棱。
基生叶呈莲座状，具长柄，茎生叶与基生叶相似；
叶片正圆形或卵圆形，长0.8-1.7厘米，宽0.7-1.8厘米，先端钝，基部浅心形，边缘具整齐圆齿，两面被细柔毛，干后有棕色腺点；
叶柄细弱，仅上部有不明显的狭翅，茎中部叶的叶柄远较叶片为长，上部者与叶片等长；
基生叶的托叶通常疏松排列，披针形，具长的流苏状齿，茎生叶的托叶离生，卵形或宽披针形，长3-7毫米，宽1.5-2.5毫米，先端渐尖，边缘具流苏状锯齿或疏生缺刻状锯齿，锯齿先端具褐色腺点。
花紫色或淡紫色，单生于茎上部叶叶腋；
花梗纤细，远较叶为长，长2.5-6厘米，疏生极短的细柔毛，中部以上有2枚小苞片；
小苞片钻形或线形，长4-6毫米，中下部具长流苏状齿；
萼片宽披针形或披针形，长4-7.5毫米，宽1-2.5毫米，具3脉，密生褐色腺点，先端尖，基部附属物较短，长0.5-1.5毫米，呈方形，末端具2-3个钝齿；
花瓣狭长圆状卵形，具深色脉纹，侧方花瓣长0.8-1厘米，宽约4毫米，里面近基部密生长须毛，上方花瓣与侧方花瓣近等长，下方花瓣较短，连距长1.3-1.4厘米，密生褐色腺点；
距圆筒状，长3-4毫米，粗约2毫米，末端圆，平直或略向上弯；
雄蕊的花药长约1.3毫米，药隔顶部的附属物长约0.7毫米，下方雄蕊长约3毫米，距宽角形，长约2.5毫米，宽约0.8毫米；
子房卵状，深棕色，花柱棒状，粗细均等，仅基部膝曲状弯曲处稍窄细，顶部向前弯曲呈喙状，其后方及两侧具明显的乳头状凸起；
喙平伸，嘴部稍向上噘，具较粗的柱头孔。
蒴果长圆状，长5-7毫米，粗3-4毫米，先端具残存的花柱，被短柔毛或无毛。
花期4-6月，果期5-6月。
2n=20。
