悬果堇菜，多年生草本，无地上茎，高约6厘米，全体无毛。
根状茎垂直，黄褐色，粗而特长，粗4-7毫米，长可达12厘米，节间缩短，节密且残存褐色托叶，顶端常分枝并有多条细长的须根。
基生叶多数，簇生呈莲座状；
叶片三角状卵形，长1.3-2.3厘米，宽1.7-3厘米，先端稍尖，基部浅心形或截形，边缘具细锯齿，两面无毛但密生褐色腺点，下面叶脉明显隆起；
叶柄长1.5-4厘米，上部有极狭的翅；
托叶离生，褐色，线状披针形，边缘具长流苏状锯齿。
花小，长约1厘米，深紫色；
花梗细柔，线形，长4.5-7厘米，无毛，中部以上有2枚小苞片；
小苞片线状钻形，长3-3.5毫米，基部边缘具流苏；
萼片线状披针形，先端稍尖，边缘全缘，具3脉，基部的附属物短，末端圆或具不明显的圆齿；
花瓣长圆状倒卵形，侧方花瓣里面基部有须毛，下方花瓣较短，具长2.5-3毫米的距；
子房无毛，花柱基部稍膝曲，柱头隆起，前方有明显的短喙，背后方稍具缘边。
蒴果长圆形，长约6毫米，无毛。
种子多数，卵球形，成熟时褐色。
花果期8-10月。
