短冠鼠尾草，多年生草本；
根茎粗短，顶端覆以多数残存的老叶柄，其下有粗达1.5厘米的扭曲条状主根，主根上有纤细的须根。
茎连花序高20-57厘米，单一或少数自根茎生出，直立，钝四稜形，具四浅槽及条纹，被向下的疏柔毛。
叶有基出叶及茎生叶，叶片均戟形或长卵圆形，长3.5-11厘米，宽2-5厘米，先端锐尖或短渐尖，基部浅心形或戟形，边缘具不整齐的细圆齿，草质，幼时具细皱，上面绿色，下面较淡，两面密被短的白色柔毛，老时上面被短柔毛，下面沿脉上被微柔毛余部无毛，两面密被红褐色腺点；
叶柄长1-13厘米，根出叶者最长，茎生叶者较短，近花序者几无柄，细弱，被向下的疏柔毛。
轮伞花序2花，疏离，排列成长10-15厘米的顶生单一总状花序，有时总状花序下部具二短枝而呈三叉状的总状圆锥花序；
苞片宽卵圆形，长6-9毫米，先端骤渐尖，基部近圆形，全缘，两面略被疏柔毛及红褐色腺点，边缘被长缘毛；
花梗长约2毫米，与序轴密被平展长柔毛及混生具腺疏柔毛。
花萼钟形，长（10）13-16毫米，外面特别是沿脉上被长柔毛，余部混生红褐色腺点，内面被微硬伏毛，二唇形，上唇宽三角形，长4-5毫米，宽约9毫米，全缘，先端突尖，下唇比上唇稍长，半裂成2齿，齿三角形，先端突尖。
花冠淡紫色，长2-2.3厘米，外面被短柔毛，内面离冠筒基部3-5毫米有斜向连续的毛环，冠筒长约1.6厘米，基部宽约2.5毫米，向上渐腹状膨大，至喉部略收缩，宽约8毫米，冠檐短，二唇形，上唇倒心形，长约3毫米，宽5毫米，先端微凹，下唇宽大，长约5毫米，宽11毫米，3裂，中裂片近扇形，长3毫米，宽6毫米，边缘波状，基部略收缩，侧裂片半圆形，宽达3毫米。
能育雄蕊伸至上唇片下，花丝长约5毫米，无毛，药隔短，长1.8-2毫米，上下臂近等长，下臂药室先端互相联合；
退化雄蕊短小，长约1毫米。
花柱略伸出花冠，先端不相等2浅裂，后裂片极短。
花盘前方稍膨大。
小坚果倒卵圆形，长约2毫米，黑色。
花期6-7月。
