异叶香薷，草本，高0.3-0.8米，具纤细匍匐枝及密集的须根。
茎劲直，暗紫色，钝四稜形，具浅槽，疏被白色具节疏柔毛。
叶两型，匍匐枝上的叶小，宽椭圆形或近圆形，长0.2-0.6厘米，宽0.2-0.4厘米，边缘疏生钝齿，具短柄；
茎上叶披针形或椭圆形，长1.3-2.6厘米，宽0.3-0.7厘米，两端渐尖，边缘具浅锯齿或圆齿状锯齿，干时略向下面反卷，上面沿中脉上被小疏柔毛，下面除中脉及侧脉被疏柔毛外余部密布凹陷腺点，侧脉4对，与中脉在上面凹陷下面隆起，叶柄极短或近无柄。
穗状花序单生于茎顶，圆柱形，长2.5-4厘米，开花时宽达1.8厘米；
苞片覆瓦状排列，紧密，宽扇形，宽6-8毫米，先端具短突尖或钝，干膜质，脉纹明显，带紫色，两枚连合成杯状。
花萼管状，长3.5-4毫米，外面被疏柔毛及腺点，内面无毛，萼齿披针形，约等于花萼长1/3。
花冠玫瑰红紫色，长10-12毫米，外面疏被柔毛及腺点，内面无毛，冠筒自基部向上逐渐扩大，至喉部宽达2.5毫米，冠檐二唇形，上唇直立，先端微缺，下唇开展，3裂，中裂片边缘啮蚀状，侧裂片全缘。
雄蕊4，伸出，前对较长，花丝无毛，花药卵圆形，2室。
花柱超出雄蕊之上，先端不相等2浅裂，裂片钻形。
小坚果长圆形，长约1.5毫米，棕黑色，光滑。
花、果期10-12月。