西畴黄芩，多年生草本；
根茎匍匐，密生纤维状须根。
茎高40-80厘米，上升，基部粗约2毫米，多少生不定须根，锐四棱形，下部疏生上部密生锈色具节小柔毛及腺点，有时下部近无毛而带木栓质。
叶椭圆形或倒卵状椭圆形，长5-9厘米，宽2.5-4厘米，先端急尖，基部楔形，边缘有波状圆齿，上面绿色，沿叶缘稍密生余部疏生具节小柔毛，下面较淡，灰白色或带紫，无毛，两面均散布浅黄色腺点，侧脉5-6对，上面不明显，下面突出；
叶柄长1-1.6厘米，腹凹背凸，腹面密被锈色具节小柔毛，背面无毛。
花对生，组成顶生长4.5-7.5厘米的总状花序；
总梗长1.4厘米；
花梗长3毫米，与序轴均密被具腺柔毛；
苞片椭圆形，最下一对较大，长4-4.5（7）毫米，全缘或中部以上具疏锯齿，无柄，两面具腺点，边缘具纤毛。
花萼长约2毫米，外被腺点，边缘具纤毛，盾片平展，高约1毫米。
花冠淡紫或紫红，长约2.2厘米，外疏被微柔毛及腺点；
冠筒长约1.6厘米，前方基部曲膝状，中部以上渐宽，至喉部宽达6毫米，内面无毛；
冠檐2唇形，上唇盔状，直伸，先端微凹，下唇中裂片扁圆形，基部宽约5毫米，先端微凹，两侧裂片三角形，基部宽约2.5毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部以下被纤毛。
花盘肥厚，前方膨大；
子房柄不明显。
花柱细长。
子房光滑。
成熟小坚果未见。
花期4月。
