平卧黄芩，多年生草本；
根茎木质，平卧。
茎少数，高约10厘米，上升，钝四棱形，粗约1.2毫米，疏被微柔毛，上部常带紫色。
上部茎叶近于无柄；
叶片长卵圆形，长1.5-1.7厘米，宽0.7-0.9厘米，先端渐尖，基部楔形，边缘具疏锯齿，两面均绿色，上面疏被微柔毛，下面近于无毛但有腺点，侧脉约3对，斜上升，与中脉在上面凹陷下面凸起。
轮伞花序，多数，密集，在茎顶组成长约6厘米的穗状花序；
苞叶宽卵圆形，先端渐尖，淡绿局部带紫色，纸质，极密被疏柔毛，边缘近全缘或微具1-2齿，具长纤毛；
花柄长约3毫米，与序轴均密被疏柔毛。
花萼开花时长约2毫米，被短柔毛，盾片高达3毫米。
花冠长3厘米，淡黄色，上唇及下唇两侧裂片顶部紫色，下唇中裂片具紫斑；
冠筒外被短柔毛，内无毛环，基部微膝曲状，宽约3毫米，中部以上渐宽，至喉部宽达5毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，先端微缺，外被短柔毛，下唇中裂片近圆形，外被微柔毛，内无毛，先端微缺，两侧裂片短小，与上唇片靠合。
雄蕊4，前对较长，微伸出，具能育半药，后对较短，具全药，花药外面及药室裂口被髯毛；
花丝丝状，扁平，无毛。
花柱纤细，先端锐尖，微裂。
花盘肥厚。
子房4裂，裂片等大。
小坚果未见。
