吕宋黄芩，多年生草本。
茎高达35厘米，直立，近圆柱形，基部径约1.5毫米，密被向上紧贴的微柔毛，具长分枝。
叶坚纸质，卵圆形，长1.2-3.2厘米，宽0.8-2厘米，先端钝，基部截状楔形或近圆形，边缘有2-4对远离的钝牙齿及向上曲的纤毛，上面干时暗绿色，下面较淡，两面被短柔毛，侧脉2-3对，上面不明显，下面显著；
叶柄长4-10毫米，密被向上曲的短柔毛，腹面略具沟，背面圆凸。
花对生，于茎或分枝顶排列成长2.5-9（13）厘米几无梗的总状花序；
花梗长约4毫米，与序轴均密被微柔毛；
苞片狭长圆形至狭披针形，长2-3毫米，宽0.5-1毫米，近无柄，先端钝，基部渐狭，全缘，两面均被短柔毛。
花萼长约1.8毫米，被短柔毛，盾片高1.5毫米，果时花萼长4毫米。
花冠未详。
小坚果暗黑褐色，卵形，长约1毫米，径约0.8毫米，具瘤，腹面凹入，具一果脐。
果期7-12月。