密刺苦草，多年生沉水草本。
须根多数。
根茎直，褐色，长1-6厘米，径4-6毫米。
常从叶腋发出匍匐茎，黄白色，径约3毫米，节间长5-20厘米，表面具微刺，节上生根和叶。
叶基生，线形，深绿色，长20-70厘米，宽6-12毫米，自先端向基部逐渐变窄，叶端圆钝或急尖，叶基略呈鞘状，叶缘具密钩刺；
主脉3，明显平行，此外尚有平行细脉多条及横脉。
雌雄异株；
雄佛焰苞三角形，扁平，长1-1.5厘米，宽约6毫米，内含雄花多数；
佛焰苞梗长2-3厘米；
雄花小，萼片3，反卷，雄蕊2枚；
花粉粒球形；
雌佛焰苞圆筒状，两侧压扁，长1.5-2厘米，先端2裂，裂片圆钝，苞内雌花1朵；
佛焰苞梗纤细，长度多与水深成正相关；
雌花各部具紫色斑纹；
萼片3，卵状匙形，长约3毫米，宽约2毫米，先端急尖，稍内卷；
雌蕊1枚；
柱头3，顶端2裂，长约3.5毫米，宽约2毫米，基部有紫色斑纹；
子房下位，三棱状圆柱形，1室；
胚珠多数，直立，珠被双层，近等长，无翅状附属物。
果三棱状圆棱形。
种子多数，无翅。
花期9-10月。
2n=20。
