云南堇菜，多年生草本。
根状茎伸长，具长的节间，斜生或平卧地面呈茎状，节上有不定根。
地上茎缺或较短，长不足2厘米。
匍匐枝纤细，长可达37厘米，通常密被白色柔毛，顶端有簇生的叶丛且常形成新植株。
叶近基生或互生于匍匐枝上；
叶片长圆形或长圆状卵形，长3-8厘米，宽2-4厘米，近中部处最宽，先端尖或渐尖，基部呈浅而狭的心形，边缘具粗圆齿，两面密被灰白色柔毛，上面深绿或暗绿色，下面灰绿色，幼叶上毛较密；
叶柄长短不等，长3-8厘米，密被开展的白色柔毛；
托叶大部分离生，披针形，长1-1.3厘米，苍白色，膜质，先端狭长，渐尖，边缘具长流苏状齿。
花淡红色或白色，长1.5-1.7厘米，直径约1.5厘米；
自基生叶叶腋抽出的闭花受粉花的花梗远较叶短，匍匐枝上花梗远长于叶，花梗密被柔毛，中部以上有2枚对生的线形小苞片；
萼片线状披针形或披针形，长5-7毫米，基部附属物短，具3脉，沿脉疏生白色毛，边缘密生缘毛；
上方2枚花瓣长圆形，长1.3-1.5厘米，宽5-6.5毫米，侧方2枚花瓣长约1厘米，里面基部无须毛，下方1枚花瓣较短，连距长8-9毫米；
距极短呈浅囊状，长1.5毫米，稍向下弯；
下方2枚雄蕊具极短的角状距；
子房卵球形，无毛，花柱棍棒状，基部近直立，向上逐渐增粗，柱头具窄而直展的缘边，前方具短而直伸的喙，喙端具较细的柱头孔。
蒴果小，长圆形或近球形，长5-7毫米，绿色。
种子球形。
花期3-6月，果期8-12月。
