神农架紫堇，多年生无毛草本，高30-40厘米。
根茎短，具多数纤维状须根和少数匍匐茎。
茎直立，具叶、分枝。
基生叶长约18厘米，叶柄长约15厘米，基部具膜质宽展具狭耳的叶鞘，叶片二回三出，一回羽片具短柄，二回顶生羽片卵圆形，约长3-5厘米，宽1.6厘米，具短柄，侧生羽片较小，约长1.5厘米，宽1厘米，近无柄，全部具锯齿。
茎生叶二回至一回三出，与基生叶相似而较小，叶片边缘具粗齿。
总状花序疏具3-9花。
下部苞片叶状，约长2厘米，宽1.2厘米，具短柄，三深裂，其余的楔形，约长7毫米，宽5毫米，全部具齿，有时顶端的全缘。
花梗长约5毫米，果期长达8毫米。
花红色，紫红色至白色，平展。
萼片宽卵圆形，长0.5-1毫米，具深齿。
外花瓣顶端微凹，多少具短尖，无鸡冠状突起。
上花瓣长2-2.3厘米；
距漏斗状，稍长于瓣片；
蜜腺体极短，长约2毫米。
下花瓣长约1.3厘米。
内花瓣长约1.2厘米，瓣片明显具耳状突起，爪纤细，约与瓣片等长。
柱头近四方形，顶端具4-6乳突，基部下延，侧面具2对双生乳突。
蒴果线形，长2-3厘米，宽1-1.5毫米，具10-20枚种子和长2-5毫米的花柱。
种子具大而扇形的种阜。
