云南鼠尾草，多年生草本；
根茎短缩而匍匐，向下生出块根及纤维状须根，块根通常2-3，朱红色，纺锤形，长3-5厘米，径3-6毫米。
茎直立，高约30厘米，钝四稜形，具槽，密被平展白色长柔毛。
叶通常基出，稀有1-2对茎生叶；
基出叶为单叶或三裂或为羽状复叶，具柄，柄长2.5-10厘米，被长柔毛，单叶时叶片为长圆状椭圆形，长2-8厘米，宽1.5-3.5厘米，先端钝或圆形，基部心形至圆形，边缘具圆齿，坚纸质，上面绿色，下面带紫色，两面密被或疏被长柔毛，稀有变无毛，通常具细皱，三裂叶或羽状复裂叶的顶裂片最大，卵圆形或椭圆形，与单叶等大或较小，侧裂片或侧小叶卵圆形，其余与单叶相同；
茎生叶具短柄，叶片披针形或狭卵圆形或狭椭圆形，通常比基出叶小，其余与基出叶相同。
轮伞花序4-6花，疏离，组成长7-13厘米顶生总状花序或总状圆锥花序；
苞片椭圆状披针形，小，一般比花梗短，全缘，被短柔毛；
花梗长约3毫米，与花序轴被长柔毛及具腺微柔毛。
花萼钟形，长7-9毫米，背面常染紫色，外面沿脉被长柔毛，余部被腺体，萼口边缘被缘毛，内面满布微硬伏毛，二唇形，上唇宽三角形，长2.5毫米，宽6.5毫米，先端具小尖突，具3脉，2侧脉具狭翅，下唇比上唇长，长3毫米，宽5毫米，浅裂成2齿，齿三角形，渐尖。
花冠蓝紫色，长2.5-3厘米，外被短柔毛，内面在冠筒中下部散布微柔毛，冠筒长13-15毫米，喇叭形，基部宽约2.5毫米，至喉部宽达6毫米，冠檐二唇形，上唇镰刀形，先端微缺，向上高举，长9-11毫米，宽约4.5毫米，下唇3裂，中裂片最大，倒心形，长4.5毫米，宽7毫米，先端微缺，基部收缩，边缘波状；
侧裂片卵圆形，宽2.5毫米。
能育雄蕊2，包在花冠上唇内，花丝扁平，长3毫米，药隔长6-10毫米，上臂长约为下臂的2倍，二下臂药室退化，顶端联合。
花柱伸出，先端不相等2裂，后裂片较短。
花盘前方略膨大。
小坚果椭圆形，黑棕色，光滑。
花期4-8月。
