短裂马先蒿，一年生或二年生草本，干时稍变黑色，高约20-30厘米；
根纤细。
茎常自基部发出多条，多6-10数，上部无分枝，枝柔弱多倾斜上升，中空，不木质化，稍具稜角，疏被毛，有毛线。
叶基生者早脱落，茎生者下部的假对生，上部的互生，有长柄，柄长约1.5-2.5厘米，渐上渐短，扁平，狭窄，沿中肋有狭翅，基部及边缘有短纤毛；
叶片披针状长圆形或卵状长圆形，薄膜质，长约3-4厘米，宽约1-1.5厘米，上面疏被压平之毛，下面沿主脉疏被毛或无毛，微被白色肤屑状物，羽状全裂，裂片每边9-11枚，疏稀，长卵形或卵状披针形，长达7毫米，宽约2-4 毫米，基部常狭缩，但多少下延联中肋成狭翅，边缘有羽状浅裂至深裂，二次裂片近端处具有少数锯齿，齿端急尖，有胼胝质小刺尖。
总状花序顶生，伸长，长约为枝的1/2或1/3，极稀疏；
苞片叶状；
花梗很长，长约10-20毫米，细弱，密被短毛；
萼狭卵圆形，长约3-5毫米，脉上密被灰色短毛，前方开裂至管的中部，多少向前撇出，主脉5条，次脉7-8条，细而清楚，无网纹，萼齿5枚，除膜质基部外，草质而较厚，长约为管的1/2或1/3，不相等，后方的一枚较小，钻状全缘，其余4 枚近于相等，倒披针形，基部楔形，全缘，上部稍变宽，生有二三尖锐的大齿；
花冠微红或白色，长约10毫米，花管伸直，约为萼长的1倍半，外微被短毛，盔直立部分极短，约以直角作膝屈向前成为膨大的舍有雄蕊部分，并在其基部强烈扭折，使额部向下，前方多少突然狭缩成细长而以S形向上弯曲的喙，长约7毫米，顶端微缺，下唇宽大，平坦无褶襞，多以直角开展，3裂，被缘毛，中裂甚小于侧裂，长约2毫米，宽约1.5毫米，成倒卵状长方形，顶端平钝，不凸出于侧裂之前，基部略缩小，侧裂斜椭圆形；
雄蕊着生于花管的中部，2对花丝上部均被毛；
子房卵圆形，长约2毫米，柱头稍伸出于盔外。
蒴果为歪斜的回卵形，扁平，长约5毫米，端有钩状小凸尖。