三枝九叶草,多年生草本,植株高30-50厘米。
根状茎粗短,节结状,质硬,多须根。
一回三出复叶基生和茎生,小叶3枚;
小叶革质,卵形至卵状披针形,长5-19厘米,宽3-8厘米,但叶片大小变化大,先端急尖或渐尖,基部心形,顶生小叶基部两侧裂片近相等,圆形,侧生小叶基部高度偏斜,外裂片远较内裂片大,三角形,急尖,内裂片圆形,上面无毛,背面疏被粗短伏毛或无毛,叶缘具刺齿;
花茎具2枚对生叶。
圆锥花序长10-20(-30)厘米,宽2-4厘米,具200朵花,通常无毛,偶被少数腺毛;
花梗长约1厘米,无毛;
花较小,直径约8毫米,白色;
萼片2轮,外萼片4枚,先端钝圆,具紫色斑点,其中1对狭卵形,长约3.5毫米,宽1.5毫米,另1对长圆状卵形,长约4.5毫米,宽约2毫米,内萼片卵状三角形,先端急尖,长约4毫米,宽约2毫米,白色;
花瓣囊状,淡棕黄色,先端钝圆,长1.5-2毫米;
雄蕊长3-5毫米,花药长2-3毫米;
雌蕊长约3毫米,花柱长于子房。
蒴果长约1厘米,宿存花柱长约6毫米。
花期4-5月,果期5-7月。