微籽龙胆，一年生草本，高5-10（20）厘米。
茎直立，紫红色，密被紫红色乳突，不分枝或分枝。
叶常密集，先端钝，基部渐狭，边缘密生短睫毛。
上面密生极细乳突，下面除叶脉外光滑，叶脉3-5条，密生乳突，仅在下面突起，叶柄膜质，宽而扁平，背面及边缘均具乳突；
基部叶在花期宿存或枯萎至凋落，狭椭圆形或披针形，长10-15毫米，宽4-6毫米，叶柄短，长3-5毫米；
中上部叶狭椭圆形或椭圆状披针形，长20-50毫米，宽5-7毫米，叶柄长5-10毫米。
花多数，簇生茎或小枝顶端呈头状，无花梗，花萼筒膜质，白色或有时上部带紫红色，倒锥状筒形，长8-10毫米，裂片绿色或带紫红色，稍不整齐，倒披针形，长8-11毫米，先端钝，基部渐狭，边缘密生短睫毛，两面密生极细乳突，中脉在背面突起，密生乳突，弯缺截形；
花冠蓝紫色，具黑紫色宽条纹，无短细条纹，漏斗形，长2.8-4厘米，裂片卵状三角形，长5-6毫米，先端急尖，全缘，褶整齐，截形或卵圆形，长1.2-1.5毫米，先端圆形，边缘有不整齐圆齿；
雄蕊着生于冠筒下部，整齐或不整齐，花丝丝状，长12-18毫米，花药矩圆形，长3-4毫米；
子房线状椭圆形，长11-13毫米，两端渐尖，柄长5-8毫米，花柱长，丝状，长8-10毫米，柱头小，2裂，裂片三角形。
蒴果内藏，椭圆状披针形或椭圆形，长1.5-1.8厘米。
先端渐尖，基部钝或渐狭，柄长至1.8厘米；
种子褐色，矩圆形，长0.5-0.7毫米，表面具浅的蜂窝状网隙。
花果期9-12月。
