双斑黄堇，多年生丛生草本，高12-20厘米。
根茎长约12厘米，上部粗约1厘米，下部变细，全部散生卵圆形鳞片及腋生于鳞片的珠芽；
珠芽常发育成新植株。
茎和叶簇生于幼龄根茎的顶端。
茎发自基生叶腋，稍长于叶或近等长，通常不分枝，疏生2-3叶。
基生叶多数，长约10-15厘米；
叶柄约与叶片等长或稍长，基部多少鞘状宽展；
叶片长圆形，约长4-7厘米，宽2-4厘米，上面深绿色，下面灰绿色，二回羽状全裂，一回羽片4-7对，具短柄，近对生，二回羽片3-5枚，无柄或近无柄，近对生，通常三深裂，裂片披针形或倒卵形，近具短尖，约长7毫米，宽2-3毫米。
茎生叶具短柄，通常一回羽状全裂。
总状花序长约3-5厘米，多花、密集。
下部苞片叶状，具短柄，二回三深裂，中部的掌状分裂或3裂，上部的披针形全缘，全部稍短于花梗。
下部花梗长约1.5厘米，上部的长6-10毫米。
花污黄色，内花瓣顶端具2紫色斑点。
萼片小，鳞片状，具齿。
外花瓣背部具带紫色，具高鸡冠突起。
上花瓣长约1.6厘米，鸡冠状突起高约2-2.5毫米，向后延伸至距中部或近末端；
距圆筒形，近直，约与瓣片等长；
蜜腺体近伸达距末端。
下花瓣略向前伸出，长约9毫米；
爪约与瓣片等长，基部突然缢缩。
内花瓣顶端具2紫色斑点，爪稍短于瓣片。
雄蕊束披针形，具中肋。
子房长圆形，约与花柱等长；
花柱顶端弯曲；
柱头近四方形，顶端具4短柱状突起，侧面各具2乳突，基部不下延。
