甘南紫堇，多年生直立草本，高40-50厘米，具主根。
根的顶部外围少数鳞片和叶柄残基。
茎发自鳞片或基生叶腋，下部裸露，中部以上具叶，不分枝或少分枝。
基生叶少数，长约26厘米，具长柄；
叶片卵形，上面绿色，下面苍白色，一回羽状全裂；
顶生羽片宽楔形，约长5.5厘米，宽5厘米，具短柄，三深裂，裂片前缘具粗齿；
侧生羽片3对，对生，近无柄，卵圆形，长3.5-4.5厘米，宽2.5-3.5厘米，边缘具粗齿。
茎生叶与基生叶同形，但较小，具短柄或无柄；
顶生羽片约长3厘米，宽2厘米；
侧生羽片仅1-2对，约长2厘米，宽1厘米。
总状花序长约10厘米，多花。
下部苞片叶状，约长4厘米，宽3厘米，具一对侧生羽片或三深裂，上部的披针形，全缘，长1-2厘米，宽2-5毫米。
花梗长6-15毫米。
萼片卵圆形，中部着生，约长2.5毫米，宽1.5毫米，基部多少具缺刻。
花紫色，平展。
上花瓣长约2.5厘米，近S形，瓣片较宽展，上弯，顶端微凹，鸡冠状突起高约3毫米，全缘，伸出瓣片顶端；
距圆筒形，约与瓣片等长，粗约3毫米，末端圆钝，下弯；
蜜腺体约贯穿距长的2/3。
下花瓣长约1.7厘米，瓣片与上花瓣的同形，爪内凹，近基缢缩。
内花瓣近琴形，长约1.5厘米，爪稍长于瓣片。
雄蕊束披针形，具中肋。
子房线形，稍长于花柱；
柱头近半圆形，具8乳突。
