米林紫堇，多年生草本，高20-36厘米。
须根多数成簇，狭纺锤状肉质增粗，长1.5-3厘米，粗1.5-3毫米。
茎直立，压扁，明显具棱，有少数分枝，基部裸露且渐狭。
基生叶少数，具长柄，叶片三回三出分裂；
茎生叶少数，叶柄长0.5-3.2厘米，上部叶近无柄，叶片轮廓卵形，长达4.7厘米，三回三出分裂，第一回裂片具柄，第二回具短柄至无柄，小裂片倒披针形，长0.5-1.5厘米。
总状花序顶生，长达10厘米，果时延长至15厘米；
苞片下部者与上部茎生叶相同，但较小和裂片较少，上部者狭卵形至披针形、全缘；
花梗与苞片近等长或较长。
萼片极小，早落；
花瓣淡蓝紫色，上花瓣长约1.2厘米，花瓣片舟状，背部具鸡冠状突起，距近劲直，略向上弯曲，与花瓣片近等长，下花瓣长约7毫米，花瓣片倒卵形，具鸡冠状突起，中部缢缩，下部呈囊状，内花瓣匙形，长约6毫米，花瓣片宽长圆形，里面先端紫黑色；
雄蕊束披针形，长约5毫米；
子房椭圆形，胚珠多数，花柱先端弯曲，柱头上端具4乳突。
蒴果狭椭圆形，长约5毫米，成熟时自果梗基部反折。
花果期7-8月。
