不丹紫堇，多年生草本，高30-50厘米。
须根多数，纺锤状肉质增粗，长1.5-2厘米。
茎直立，具1-3分枝。
基生叶2-3枚，有时无或早枯，叶柄长10-14厘米，叶片轮廓宽三角形，长7-11厘米，宽7-11厘米，三回三出分裂，第一回全裂片具长2.5-4.5厘米的柄，第二回全裂片具长0.5-2厘米的柄，裂片椭圆状倒卵形，长1.2-2.2厘米，宽0.5-1.3厘米，先端钝，基部渐狭，边缘全缘，表面绿色，背面灰绿色；
茎生叶2-3枚，疏离互生，叶柄长2-6厘米，叶片同基生叶。
总状花序顶生，长2-4厘米，具长3-20厘米的花序梗；
苞片椭圆形，长3-6毫米，宽1.5-3毫米，急尖，全缘；
花梗纤细，长1.5-3毫米。
萼片极小，近圆形，近全缘；
花瓣淡蓝色、淡紫色或紫红色，上花瓣长2.5-2.8厘米，花瓣片舟状，背部具矮、长3-3.5毫米的鸡冠状突起，距圆筒形，长1.6-1.8厘米，远长于花瓣片，自中部向下弧曲，下花瓣舟状，背部具狭鸡冠状突起，中部缢缩，近基部呈囊状；
蜜腺体长7-8毫米，不足距的1/2，末端增粗；
子房狭椭圆形，花柱短，柱头扁长方形，2裂，具8个乳突。
蒴果（未成熟）狭扁椭圆形，长约1.5厘米，宽约3毫米，略呈念珠状。
花果期4-5月前后。
