囊瓣芹，多年生草本，高20-45厘米。
根状茎棕褐色，具节，根粗线状。
茎1-3个，中部以上一般只有1个叶片，少数有2个。
基生叶有长柄，叶柄纤细，长8-15厘米，有稀疏的柔毛，基部有深褐色宽膜质叶鞘；
叶片2回三出分裂，裂片有柄或近无柄；
有粗伏毛，卵形，长卵形或菱形，基部截形或略呈楔形，全缘，中部以上有钝齿或锯齿，顶端短尖至长尖，沿叶脉两侧有粗伏毛；
茎生叶无柄或有短柄，与基生叶同形。
复伞形花序有长花序梗；
无总苞；
伞辐6-25，通常15-20，果实成熟时长可达3-3.5厘米，一侧密生粗伏毛；
小总苞片2-3，线状披针形；
小伞形花序有花2-4，花柄一侧有粗伏毛；
萼齿钻形，不等长；
花瓣白色，长倒卵形，顶端微凹，有内折的小舌片，基部狭窄，花药深紫蓝色，花柱基圆锥形，花柱比花柱基长，直立。
果实圆卵形，成熟后直径约3毫米，果棱上具丝状细齿，每棱槽内油管通常1。
花果期4-10月。
