高山囊瓣芹，植物体纤细，高2.5-8.5厘米。
根茎细线状，有膨大的小结，茎1-2，光滑，不分枝。
基生叶簇生，有柄，叶柄长1-4厘米，与叶片近等长，或比叶片长2倍，基部有圆形或卵形的膜质叶鞘，叶片轮廓卵形，1回羽状分裂，有稀疏的2-4对羽片，有短柄，下部的羽片三出分裂，裂片扇形，基部阔楔形至截形，顶端3-8齿，叶脉明显。
复伞形花序无总苞；
伞辐5-7，不等长，有的达2.5厘米长，有的较短；
小总苞片钻形；
小伞形花序有花2-3；
萼齿细小；
花瓣白色带淡紫色；
花柱基短圆锥形，花柱短，微向外弯曲。
果实卵形。
花果期6-8月。
