心果囊瓣芹，多年生草本，高8-90厘米，一般高20-40厘米。
根圆锥形，有的有支根，呈叉状，长3-11厘米。
茎有2个以上分枝。
叶异形，茎下部的叶有细长的叶柄，基部有膜质叶鞘，1-2回三出分裂，或近于羽状分裂；
茎中部的叶片有柄，2回羽状分裂，裂片菱形、扇形，长、宽约1厘米左右，或为线形；
茎上部的叶片有短柄并有叶鞘，裂片线形。
小伞形花序有花2-4，花柄不等长，被柔毛；
萼齿直立，长与花柱基相近；
花瓣带淡紫色，卵形或倒卵形，顶端微凹，有内折的小舌片。
果实卵形，长2-3毫米，宽1.5-2毫米，花柱基圆锥形，花柱直立，伸长，有的仅1心皮发育。
每棱槽中油管1-2。
花果期5-8月。