洱源囊瓣芹，根茎长5-9厘米。
茎1-3个，直立，高12-35厘米，中上部1-2个分枝。
基生叶有长柄，长5-18厘米，叶片三出式羽状分裂，下部两侧的小羽片有短柄，常2-3裂，中部的小羽片通常无柄，不分裂，顶端的小羽片3裂，所有的小羽片阔卵形或菱形，膜质，长2-5厘米，宽1-3厘米，基部截形，偏斜，叶缘有缺刻状锯齿，表面绿色，背面稍泛白，叶缘及叶脉上通常无毛，少数有稀疏的粗伏毛；
茎生叶1-2个，无柄或有短柄，与基生叶同形，最上部的茎生叶1回三出分裂，裂片卵状披针形或卵形，顶端长尖。
复伞形花序无总苞；
伞辐5-20，不等长，至果期为1-2.5厘米长；
小总苞片2，披针形；
小伞形花序通常有花2，极少为3；
萼齿钻形；
花瓣白色，长倒卵形，顶端微凹，有内折小舌片；
花柱基短圆锥形，花柱伸长，直立。
果实卵形，长2-3毫米，宽1.5毫米，果棱粗糙，或有丝状细齿。
花果期4-8月。
