高雄茨藻，一年生沉水草本。
植株纤弱，易碎，呈黄绿色或褐黄绿色，有时茎呈浅紫色，尤以节部色更深；
下部匍匐，上部直立，基部节生有1至数枚不定根；
株高20-30厘米。
茎圆柱形，直径约1毫米，节间长1-3厘米；
分枝多，呈二叉状。
叶呈3叶假轮生，于枝端较密集，无柄；
叶片线形，长1-2厘米，宽0.5-1毫米，渐尖，叶缘每侧有10-20枚细锯齿，长约为叶宽的1/5，齿端有一褐色刺细胞；
叶脉1条；
叶基扩大成鞘，抱茎；
叶耳短三角形，长约2毫米，先端具数枚细齿，略呈撕裂状。
花小，单性，多单生，或2-3枚聚生于叶腋；
雄花具1佛焰苞和1花被；
雄蕊1枚，花药1室；
雌花狭长椭圆形，长约1毫米，无佛焰苞和花被，雌蕊1枚，柱头2裂。
瘦果狭长椭圆形，长1.5-1.7毫米。
种皮细胞数十列，近四方形至五角形。
花果期8-11月。
2n=12。