横断山凤仙花，一年生草本，高10-15厘米。
茎纤细，直立，不分枝，或稀上部分枝，被黄褐色短柔毛。
叶互生，具柄；
叶片膜质，卵形或长圆状卵形，长2-3.5厘米，宽1-1.5厘米，顶端短尖，基部楔形，向基部有1-2对腺体，边缘具圆齿状锯齿，上面深绿色，被疏短糙毛，下面淡绿色，沿脉被褐色短毛；
侧脉3-5 (6) 对，弧状弯曲；
叶柄细，长5-10毫米，被黄褐色短柔毛。
总花梗纤细，单生于上部叶腋，与叶等长或稍长于叶，具1花；
花梗细，长6-10毫米，被疏微毛，基部具1苞片；
苞片卵状披针形，长1-2毫米，宿存。
花小，金黄色，径长1.5厘米。
侧生萼片4，外面2枚卵状披针形，长约3毫米，宽1毫米，顶端具内弯小尖，具3条脉，内面2梗极小，线状披针形，透明，长1.5毫米，宽约0.5毫米。
旗瓣椭圆形，兜状，长约5毫米，宽4-5毫米，顶端圆形，背面中肋不增厚，被微毛。
翼瓣具柄，长12毫米，2裂；
基部裂片卵状长圆形，渐尖，上部裂片斧形，顶端钝，背部有狭反折的小耳。
唇瓣狭漏斗状，长10-15毫米，口部斜上，宽约7毫米，先端尖，基部渐狭成上弯或卷曲的距。
花丝线形，长3毫米；
花药卵圆形，顶端钝。
子房纺锤形，直立，长2.2毫米，短喙尖。
蒴果（未成熟）纺锤形，长4-5毫米。
