小萝卜大戟，多年生草本，全株灰褐色略带紫色。
根萝卜状或球状，直径2-4厘米或更大，末端细线形。
茎单一直立，上部多分枝，高10-30厘米，直径3-7毫米。
叶互生，于茎下部呈鳞片状，基部半包茎，长1-2厘米，宽3-6毫米，略呈淡紫色，叶背尤为明显，于茎上部倒卵形至椭圆形，长3-4厘米，宽6-20毫米，全缘；
叶脉羽状，数条发自主脉下半部；
近无叶柄或具短柄；
苞叶卵状长圆形，2枚，长约1厘米，宽3-5毫米。
花序单生于二歧分枝顶端，无柄；
总苞阔钟状，高约2.5毫米，直径3-4.5毫米，边缘4裂，裂片长圆形，具柔毛；
腺体4，半圆形，淡褐色。
雄花多枚，伸出总苞之外；
雌花1枚，子房柄长达3毫米，明显伸出总苞之外；
子房光滑无毛；
花柱3，分离；
柱头2裂。
蒴果卵球状，长约5毫米，直径3.5-5.0毫米；
花柱宿存；
成熟时分裂为3个分果爿。
种子黄褐色至淡灰色，圆柱状，长约3毫米，直径约2毫米，光滑，腹面具一条纹；
种阜无柄。
花果期4-6月。
