蛇果黄堇，丛生灰绿色草本，高约30-120厘米，具主根。
茎常多条，具叶，分枝，枝条花葶状，对叶生。
基生叶多数，长10-50厘米；
叶柄约与叶片等长，边缘具膜质翅，延伸叶片基部；
叶片长圆形，二回至一回羽状全裂，一回羽片约4-5对，具短柄，二回羽片约2-3对，无柄，倒卵圆形至长圆形，3-5裂，裂片约长3-10毫米，宽1-5毫米，具短尖。
茎生叶与基生叶同形，下部的具长柄，上部的具短柄，近一回羽状全裂；
叶柄边缘延伸至叶片基部的翅较基生叶更明显。
总状花序长10-30厘米，多花，具短花序轴。
苞片线状披针形，长约5毫米。
花梗长5-7毫米。
花淡黄色至苍白色，平展。
外花瓣顶端着色较深，渐尖。
上花瓣长9-12毫米；
距短囊状，约占花瓣全长的1/3至1/4，多少上升；
蜜腺体约贯穿距长的1/2。
下花瓣舟状，多少向前伸出。
内花瓣顶端暗紫红色至暗绿色，具伸出顶端的鸡冠状突起，爪短于瓣片。
雄蕊束披针形，上部缢缩成丝状。
子房线形，稍长于花柱；
柱头宽浅，具4乳突，顶生2枚呈广角状叉分，侧生2枚呈两臂状伸出，先下弯再弧形上伸。
蒴果线形，长1.5-2.5厘米，宽约1毫米，蛇形弯曲，具1列种子。
种子小，黑亮，具伸展狭直的种阜。
