新疆黄堇，多年生丛生灰绿色草本，高10-40 (-80)厘米。
主根粗大，具多头根茎。
根茎上部具棕色鳞片和叶柄残基。
茎具棱，不分枝或少分枝，通常具1-2叶。
基生叶多数，稍低于茎；
叶柄约与叶片等长，基部鞘状宽展；
叶片长圆形，二回羽状全裂，一回羽片4-5对，具短柄；
二回羽片3-5枚，近无柄，卵圆形至宽卵形，羽状分裂，裂片倒卵形，长（2-）4-7毫米，宽1.5-4毫米，近具短尖。
茎生叶与基生叶同形，有时近一回羽状全裂。
总状花序长3-10厘米，多花，密集，近穗状圆柱形。
苞片叶状或倒卵状楔形，羽状分裂，上部的近披针形，全缘，全部稍长于花梗。
花梗长约1-2厘米，果期弧形下弯。
萼片小，直径约1毫米，具齿。
花冠橙黄色，长1.8-2.5厘米。
外花瓣具高而伸出瓣片顶端的鸡冠状突起。
上花瓣较宽展，渐尖；
距圆筒形，约与瓣片等长；
蜜腺体约贯穿距长的1/2。
下花瓣基部多少呈浅囊状。
内花瓣近匙形，具鸡冠状突起；
爪较宽展，约与瓣片等长。
雄蕊束近长圆形，渐尖，具3脉。
子房长圆形，约与花柱等长；
柱头扁四方形，顶端圆钝，微凹，具2短柱状突起，两侧基部下延。
蒴果下弯，长圆形，约长（8-）10-15毫米，宽3毫米，具2列种子。
种子8-10枚，直径约1.5毫米，黑亮。
